Didesnės pradinės išlaidos: Palyginti su tradicinėmis stogo saulės baterijomis, saulės stogo čerpės dažnai turi didesnes pradines investicijų išlaidas.
Šiek tiek mažesnis energijos vartojimo efektyvumas: Paprastai saulės energijos čerpių energijos konversijos efektyvumas gali būti šiek tiek mažesnis nei standartinių saulės modulių.
Montavimo paslaugų trūkumas: Šiuo metu yra palyginti nedaug įmonių, teikiančių saulės energijos stogo čerpių montavimo paslaugas, o tai gali sukelti tam tikrų nepatogumų montavimo metu.
